乾宁三年(896)九月,占据汴州(开封)的黄巢降将朱全忠、河南尹(治洛阳)张全义与关东诸侯纷纷上表,说关中地区有灾,请车驾迁都洛阳,并说已经着手缮治洛阳宫室。这个时候,昭宗为了保障皇室安全,一度想任用宗室典掌军队,因阻力重重没有实现,却给宗室诸王带来了灭顶之灾。乾宁四年(897),华州节度使韩建要挟来华州行宫的昭宗将宗室睦王、济王、韶王、通王、彭王、韩王、仪王、陈王等八人囚禁,他们所统领的殿后侍卫亲军两万余人也被迫解散,昭宗还不得不在韩建的要求下,将德王裕册为皇太子‐‐这一决定为日后的政变埋下了隐患,并进封韩建为昌黎郡王,赐&ldo;资忠靖国功臣&rdo;。这年八月,韩建又因私怨,借口诸王典兵导致&ldo;舆驾不安&rdo;,勾结知枢密刘季述假传皇帝命令发兵围十六宅,白玉带将通王、覃王已下十一王及其侍卫,无论老少统统杀死,而韩建仅以诸王&ldo;谋逆&rdo;告诉昭宗了事。当韩建发兵围住诸王的住所以后,宗室诸王惊惧万分,披发逃命,沿着城垣大呼:&ldo;官家(宫中对皇帝的称呼)救儿命。&rdo;有的还登屋上树,以图侥幸。景况之惨痛,使人叹息。即使这样,昭宗仍以韩建为守太傅、中书令、兴德尹,封颍川郡王,赐铁券,并赏赐他御笔书写的&ldo;忠贞&rdo;二字。
光化元年(898)十一月,又发生了昭宗遭宦官废黜、皇太子裕监国的宫廷政变。
原来,昭宗经过这番折腾,往日的锐气消失殆尽,终日饮酒麻痹自己,脾气也变得喜怒无常,这引起了宦官的恐惧。十一月的一天,昭宗在禁苑中打猎,大醉而归。当天夜间,手杀宦官、侍女数人。左右神策军中尉刘季述、王仲先借机要挟宰相召百官署状同意&ldo;废昏立明&rdo;,随即带兵突入宫中。刚刚酒醒的昭宗突然见到门外的兵士,惊坠床下,还挣扎起来想逃跑,被刘季述、王仲先左右挟持着摁在座位上。鸟衔花玉佩
昭宗皇后何氏马上出来周旋:&ldo;军容长官本是护卫官家的,你们不要吓着他,有事请各位做主就是了。&rdo;刘季述立即拿出百官签署的文状说:&ldo;陛下厌倦了这个宝位,大家的意思是要太子监国,请陛下颐养于东宫。&rdo;昭宗还辩解:&ldo;我昨日与卿等欢饮,不觉过了点,何至于此呢!&rdo;皇后马上阻止说:&ldo;圣人就依他们的意思吧!&rdo;说完,就在昭宗面前取出传国宝玺交付刘季述,然后就和皇帝共乘一辇,带着平日的侍从十余人赴东宫。昭宗一入宫中即被囚禁,刘季述亲自给院门上锁,每日于窗中给他送饭食。这一天,宦官又迎皇太子监国,假传昭宗之命自称太上皇,并令皇太子登皇帝位。
后来,宰相崔胤联合禁军将领孙德昭发兵打败了刘季述,天复元年(901)正月昭宗&ldo;反正&rdo;,接受了群臣的朝贺。刘季述为乱棒击死,弃尸于市。皇太子裕降为德王,改名祐。昭宗被幽禁时,崔胤曾告难于正在定州(今河北正定)行营的汴梁(今河南开封)朱全忠,请他发兵问罪。此时,崔胤又派人到朱全忠军中请他以兵迎驾。这正中朱全忠下怀,他立即前往长安,崔胤率文武百僚迎接。朱全忠随后与凤翔的李茂贞围绕争夺昭宗展开了激战。朱全忠大军围困凤翔一年多,凤翔孤立无援,城中百姓多饿死,昭宗也不得不在行宫自磨粮食以求生存。最终,凤翔城破,昭宗成为朱全忠的战利品。天复三年(903),昭宗在朱全忠的押解下还京。他赐朱全忠&ldo;回天再造竭忠守正功臣&rdo;,并亲解玉带相赐。
昭宗返回长安以后,朱全忠很快发兵将朝中宦官全部杀死,同时下令各地藩镇将担任监军的宦官一律杀死。多年来宦官专权的局面因宦官肉体上被消灭而结束了,但是唐朝政治腐败黑暗的局面并不能得到扭转。朱全忠为了更有利于控制昭宗,天祐元年(904)正月,他提出要皇帝迁都洛阳。为了杜绝唐朝故旧对长安的念想,朱全忠令长安居民按户籍迁居,宫室和民居被毁,房屋被拆后的木材扔在渭河当中,顺河而下,月余不息。数百年古都经过这一浩劫,元气大伤。长安城哭声一片,关中百姓在道路之上大骂崔胤是&ldo;国贼&rdo;,斥责他引来朱朱全忠(温)像温倾覆社稷,连累众生。
骂归骂,慑于朱全忠的淫威,昭宗不能不听任摆布,离开京师向关东而去。这次离开长安,就再也没有能够回来,长安故都,终于成为梦中的遥想了。
天祐元年(904)四月,昭宗到达陕州(今河南三门峡)时,他近乎哀求地向朱全忠声明,说中宫刚刚生育,月子里出行不方便,要到十月再入洛阳宫。朱全忠认为他是有意拖延以待变,很是恼怒,恶狠狠地对手下牙将寇彦卿说:&ldo;你马上到陕州,立即督促官家动身。&rdo;昭宗无奈,只好从陕州出发。此刻昭宗身边已没有了禁卫亲军,随从他东迁者只有诸王、小宦官十几人和打马球的内园小儿共二百余人。朱全忠仍然不放心,担心这些人也会惹是生非,为防止节外生枝,下令将他们全部坑杀,将皇帝身边的侍卫全部换成了他的部下。
就这样,迁都到洛阳的昭宗完全成为朱全忠手上的傀儡和招牌。朱全忠成为控制关东和关中大部分地区的最大的军阀,他觊觎皇位已久,篡国之谋已是司马昭之心,路人皆知。太原李克用、凤翔李茂贞、西川王建等连盟举义,打出了&ldo;兴复&rdo;的旗号来和朱全忠对抗。